Het wordt als belangrijk gezien dat beleidsonderzoek onafhankelijk is. Dit begrip wordt niet altijd geëxpliciteerd. Het is een kernwaarde, maar ook een fluïde begrip. In de praktijk wordt veel over onafhankelijkheid gesproken, maar er wordt lang niet altijd via (gedegen) empirisch onderzoek vastgesteld of en in hoeverre de onafhankelijkheid van onderzoek beïnvloed is.
Een tweede kernwaarde van beleidsonderzoek is de kwaliteit ervan. Ook dit begrip heeft meerdere dimensies, maar de belangrijkste is de methodologische kwaliteit.
Een derde kenmerk van beleidsonderzoek is dat het gepaard gaat met interacties tussen organisaties, opdrachtgevers, uitvoerders, stakeholders, ‘evaluands’, gebruikers, collega-onderzoekers, enzovoort. Die interactie gebeurt vanuit verschillende intenties en kan zichtbare, onzichtbare, bewuste en onbewuste, gewenste en ongewenste doorwerking hebben op het onderzoek(product). Moet interactie (altijd of vooral) worden vermeden vanwege het streven naar onafhankelijkheid terwijl die interactie van belang is voor het beleidsproces én voor het beleidsonderzoek? Dit is waar de kernbegrippen onafhankelijkheid en kwaliteit elkaar raken. En dit is ook waarom er inspanningen geleverd worden om beide te borgen. Dat gebeurt onder andere met protocollen, toezicht, (gedrags)codes, peer reviews en visitaties. Er is echter nog weinig bekend over hoe de borging van onafhankelijkheid doorwerkt op de kwaliteit van onderzoek en over welke effecten afzonderlijke borgingsinstrumenten in de praktijk hebben (op onderzoekers en hun eco-systeem).